胃糜爛活檢，大約有3%-5%的幾率檢出惡性，操作者如果發現胃黏膜有糜爛灶，通常會取病理來對糜爛灶進行良惡性判斷，并指導下一步治療。胃黏膜糜爛良惡性檢出的高低，與操作者的內鏡診斷水平，以及活檢的精準性有關，大部分胃黏膜糜爛是良性病變。內鏡下，可以通過醋酸染色、靛胭脂染色以及放大內鏡等觀測，對胃黏膜糜爛進行初步的良惡性判斷，但是診斷金標準是活檢下的病理診斷。如果病理是良性，可以通過抑制胃酸、保護胃黏膜等進行治療，如果病理是惡性，通常會進一步進行超聲胃鏡檢查，來確定糜爛灶的浸潤深度。如果是胃黏膜早癌，可以通過內鏡下的ESD技術，進行胃早癌的根治治療。