寶寶膽汁淤積性肝病的病因非常復雜，病因不同，預后差異非常大。寶寶膽汁淤積性肝病最常見的病因，包括病毒感染，膽管發育結構的異常，以及遺傳代謝病所致的膽汁淤積。對于病毒感染來說，小寶寶最常見的病毒是巨細胞病毒感染，巨細胞病毒感染引起的膽汁淤積性肝病預后較好，通過積極的抗病毒、保肝利膽治療，大部分孩子在數月就能恢復正常，具體病程因人而異，總體預后較好。膽管結構異常，如膽道閉鎖和膽總管囊腫預后差異較大，如果是Ⅰ型膽道閉鎖，通過及早手術治療，預后相對較好。對于Ⅲ型的膽道閉鎖，如果盡早手術治療，部分孩子可能會減少病情進展，大部分孩子可能需要肝臟移植，才能完全治愈該疾病。對于膽道閉鎖的孩子，一定要盡早發現，手術時機在生后2個月之內，最晚不要超過3個月，如果超過3個月，孩子可能會發生肝硬化，即使進行手術治療，效果也不是很好。對于遺傳代謝病所致的膽汁淤積性肝病，預后差異也非常大，如希特林缺陷癥，通過飲食的輔助治療，孩子的預后還是比較好的。