近視眼手術只做一側眼睛，并不是一定有危害，只是可能潛在一定影響，因此還是需要具體情況具體分析，通過專業的醫生進行評判。其常見影響有以下方面：1、雙眼生物學參數差異比較大：如果患者一只眼睛的角膜曲率正常，而另外一只眼睛角膜曲率不正常，這時通過做手術以后，將不正常的角膜曲率調整到正常區間范圍內，使得雙眼達到視力平衡的效果，但是患者眼睛的生物測量數值不同，可能正常一側眼睛的角膜曲率是43D，而視力較差的眼睛，角膜曲率可能變成40D，這時患者雙眼生物學參數會有比較大的差異，對患者遠期做白內障手術或其它內眼手術會不會有差異，可能有潛在因素，現在通過公式計算，會盡量將再做其它手術的誤差盡量縮小；2、雙眼成像效果有一定差異：患者一只眼睛做手術，一只眼睛沒有做，術后的球面像差和成像效果會有輕微差異，視力雖然達到平衡，但是雙眼視三級功能的建立，可能還需要一段時間去塑造，這時可能需要一定的磨合期，需要患者去感受。