腦血栓溶栓治療的風險主要是由患者發病部位、發病時間等來決定，通常發病時間越長，治療風險越大。此時即使通過溶栓，將腦動脈的血管重新再通，也有很大一部分腦組織會壞死。即使血管再通了，腦組織腦功能的恢復也有限，而且因為腦組織壞死而出現腦出血的風險也會大大增加。所以腦血栓的溶栓治療有嚴格的時間窗，一般在腦血栓發生的4.5h之內進行溶栓才安全。以前的治療指南是6h之內，但是因為4.5-6h再溶栓，出血還是比較多。所以在最新指南中，時間窗被限制到了4.5h之內。同時在溶栓過程中，需要嚴密監視患者的血壓和神經系統的情況。基本上在溶栓的前2h，每15分鐘就需要測一次血壓和進行神經系統查體，之后的2-6h是每半個小時進行血壓的測量和神經系統的查體。6-24h是每1h進行一次血壓和神經系統的查體，嚴密監視患者腦血流的恢復情況以及是否有腦出血的征象。