腦干出現軟化灶，提示在腦干發生小血管閉塞，多見于穿通動脈的細小分支閉塞。血管由于小血管病或者其他原因，導致穿通動脈閉塞，穿通動脈給遠端供血的腦細胞，由于未得到血液供給發生缺血、壞死。壞死的細胞被血液的吞噬細胞吞噬，從而形成空腔。大腦處于腦脊液中，形成空腔后腦脊液滲透到空腔中。上述患者做CT和核磁檢查時會發現腦組織中存在空腔，空腔充滿腦脊液，檢查報軟化灶。如果軟化灶發生在腦干，檢查報腦干軟化灶。