根尖周病最徹底的治療方法是根管治療，90%的根尖周病可通過根管治療方法治愈。一般無后遺癥，但是如果前期不予治療，可能會展成為骨壞死、根尖膿腫、瘺管、間隙感染，甚至壞死骨塊形成膿腫。 根尖周病后遺癥90%可治愈，只有10%因為進行正規治療，所以會有并發癥，并發癥治療較復雜，所以要行正規根管治療。并發癥不一定用藥物治療，可進行根管治療或者根尖切除等手術治療。