小兒注射乙腦疫苗可能會出現發熱，主要是因為乙腦疫苗本身是由乙腦病毒經過減活制成，是一種活疫苗，將它的毒性基本消除后注射體內，人體會產生免疫反應，產生抗體，遇到真正的乙腦病毒時，可達到預防疾病的目的。流行性乙型腦炎具有較好的預防作用，疫苗雖然已將毒性去除，但它以活性的病原微生物制成，注射入體內后，人體免疫系統可能會對它產生識別，進而產生免疫反應，部分小兒會出現發熱的現象。發熱并非疾病，不會出現乙型腦炎，這種發熱通常＜38.5℃，不具有臨床癥狀。多飲溫水，清淡飲食，多注意休息，通常1-2天可得到有效緩解。如果出現發熱明顯增高，持續時間較長，伴有明顯臨床癥狀，通常不考慮為疫苗反應，可能是在注射疫苗前或在注射疫苗中出現疾病，造成發熱現象。