打完乙腦疫苗出現發燒39度，即39℃，要進行兩部分的處理，一部分要進行降溫處理，另一部分要明確發燒39℃是疫苗反應，還是其它疾病引起，再對癥進行處理。具體如下：1、降溫：孩子出現發燒39℃是較高的溫度，容易引發熱性驚厥或者出現呼吸循環異常的反應，可能造成水電解質紊亂，所以在39℃的時候，給孩子進行降溫處理，如溫水擦拭身體或者多喝溫熱的水，都有物理降溫的效果。可以適當使用對乙酰氨基酚和布洛芬，根據孩子的年齡和狀態使用不同的退熱藥物進行降溫處理，一般孩子發燒會有所緩解；2、對因治療：以上方法只針對發燒進行處理，首先要明確引起發燒的病因，再對癥處理，多數孩子打乙腦疫苗后的發燒反應不會超過38.5℃，有個別孩子可能出現一過性的39℃。如果一般狀態較好，經過處理馬上能恢復正常，也可能是乙腦疫苗的反應，不需要使用其它的抗炎藥物就會緩解。也有些孩子發燒39℃是在疫苗后出現的疾病狀態，有可能在打疫苗前已經有潛在的疾病狀態，打疫苗后孩子的免疫狀態發生改變，造成孩子出現39℃的體溫。這時要明確引起發燒的病因，針對病因進行積極治療，緩解孩子發燒39℃的情況。