扁桃體發炎、化膿，最主要是由于細菌感染引起，如A族乙型溶血性鏈球菌以及其它細菌，如非溶血性鏈球菌、葡萄球菌、肺炎鏈球菌、病毒以及寄生蟲等，都可以引起扁桃體急性炎癥，通常細菌和病毒的混合感染者多見。身體免疫力低下或者局部免疫力低下，都可以導致病原體侵入，以及原有身體病原體的急劇繁殖，導致扁桃體發炎。另外，鄰近器官的感染，如急性咽炎、鼻竇炎以及口腔炎癥，可以蔓延到扁桃體，引起扁桃體急性炎癥。傳染病，如流感、猩紅熱、白喉等可以感染到扁桃體，引起扁桃體急性的炎癥，病人通常會出現高燒，為39-40℃，咽痛劇烈，伴有吞咽疼痛明顯。由于炎癥可以使扁桃體腫大，導致病人有咽堵，甚至有呼吸困難，檢查時扁桃體會有膿性分泌物附著，通常需要足量的抗生素進行治療。