兒童細菌感染的主要治療是應用抗生素，細菌感染要用治療細菌的藥物，治療細菌的藥物即抗生素。細菌感染用的抗生素要根據感染細菌的種類，以及對藥物敏感程度，選擇合適的抗生素。在很多時候，兒童細菌感染以后，并不能夠有效判斷細菌種類，也不能判斷細菌對藥物敏感程度。很多時候對細菌感染的兒童，其實是經驗性地應用抗生素。若要明確細菌類型，需要做細菌培養，細菌培養需要1-2周才能出結果，此段時間細菌感染已經痊愈。若明確細菌感染對某種藥物敏感，也只是在體外實驗，不能完全充分反映體內情況。因此兒童細菌感染，很多都是經驗性的應用抗生素，即通過研究發現，最容易引起來疾病的細菌。比如化膿性扁桃體炎，最常見的細菌為是鏈球菌，鏈球菌對青霉素類的藥物比較敏感，要選擇阿莫西林或者頭孢進行治療。對于腸道細菌感染，容易是復氏桿菌、大腸桿菌、沙門氏菌等細菌感染。目前指南中比較推薦的藥物為阿奇霉素，對細菌感染比較敏感、有效。兒童細菌感染主要是經驗性的選擇抗生素，根據其不同部位、不同表現，選擇不同抗生素。年齡較大的兒童，可能還是支原體感染為主，而不是細菌感染，據此進行藥物的選擇和治療。