非典型子宮內膜增生治愈后，有可能復發。非典型子宮內膜增生癥癌變的風險，相對于單純子宮內膜增生癥顯著升高，而且合并子宮內膜癌的機會比較高。對于這種子宮內膜增生癥，首選子宮切除。有有生育要求的婦女，要求保留子宮，在嚴密評估的情況下，也可以用藥物，或者含有左炔諾酮的宮內節育系統進行治療。治療的同時，3-6個月要進行一次內膜的評估，看非典型的子宮內膜增生是否逆轉。如果進展，還是建議進行子宮的切除。如果消退痊愈，建議再進行藥物的鞏固治療，但鞏固的時間目前沒有定論。非典型的子宮內膜增生經過孕激素治療逆轉以后，如果因激素停藥以后，體內有一些高雌激素水平或者雌激素作用，這種高危因素沒有去除，還是會復發。這種高危因素包括肥胖、稀發排卵或者無排卵、多囊卵巢綜合征等卵巢功能異常的改變，或者異常子宮出血，或者是合并乳腺癌，口服雌激素受體拮抗劑，也會促進子宮內膜的增生，造成非典型子宮內膜增生治療后再次復發。