肛乳頭瘤位于肛管與直腸之間的交界組織，即肛竇上方，屬于移行組織。此部位痛覺沒有肛門周圍皮膚敏感，術后有輕微疼痛感，但疼痛感覺不明顯。而肛周膿腫、肛瘺或肛裂，術后引起的疼痛較劇烈。通常肛乳頭瘤術后，不需要局部使用止疼藥，肛乳頭瘤增大的現象較少見。肛乳頭瘤是局部炎癥刺激的肛乳頭發生肥大，通常不需要做手術，可能局部使用肛門栓劑或消炎藥，炎癥逐漸消退后，可能達到好轉。