尿路結石手術的時間多在0.5-2小時，通常取決于結石大小、位置、硬度，以及術者操作熟練程度等，需要綜合考量與評估。下尿路小結石，例如輸尿管下段結石、膀胱結石等，通常0.5-1小時即可完成手術。但上尿路結石如輸尿管上段結石，或者腎結石可能需要使用復雜較為復雜的器械，例如經皮腎鏡或輸尿管軟鏡等，手術時間會延長。但手術的時間不能無休止延長，手術時間過長會帶來術后的嚴重感染，或失血過多等并發癥，甚至出現某些致命并發癥。因此多數手術會控制在2小時以內，即使做不完，可以留待二期手術，不要強求，一直延長手術時間。延長手術時間，術后可能出現致命并發癥，帶來嚴重感染、大出血等并發癥，反而得不償失。特別是上尿路結石，例如腎上的巨大結石、鹿角狀結石、多發的復雜結石等，通常需要多通道或分期手術完成。