川崎病后期應預防感染，因為川崎病的具體發病機制尚不明確，但是目前一致認為可能與病原微生物，比如細菌、病毒，或者其它特異性抗原進入體內，誘發機體自身免疫反應有關。因此預防感染對川崎病的恢復，或者防止川崎病的復發，具有非常重要的作用。在飲食方面，建議這類孩子保證清淡或均衡的飲食，活動量盡量減少，降低心臟耗氧。另外患有川崎病的孩子，在半年之內應盡量避免免疫接種，并且一定要在心血管內科進行定期的隨訪和觀察，定期監測心電圖，監測心臟彩超和冠脈超聲，追蹤、隨訪心血管相關并發癥。這部分孩子一定要遵醫囑按期或按時服藥，可以口服小劑量阿司匹林，并對癥營養心肌，定期隨診和觀察。