川崎病住院期間的治療主要是控制體溫，監測患兒心臟的心血管損害情況，當這兩項指標處于恢復期時，患兒就可以出院并繼續出院后的治療。川崎病患兒出院后的治療時間較長，一般為2-3個月。因川崎病可引起心臟損害，如未經規范治療，其危害較大。所以須嚴格遵從醫囑，在出院后15天、1個月、2個月、3個月、6個月、1年，定期隨診。1年之后，每年復查1次，連續5年，直至痊愈。