近視激光飛秒手術不會出現疼痛。眼球表面的神經分布非常密集，但是神經元都非常表淺，所以在手術時，對局部點滴麻醉眼藥水，痛覺就會得到抑制，所以患者在手術中不會出現疼痛。 從理論而言，在麻藥滴入15秒鐘后，眼球表面的痛覺幾乎完全消失，病人不會感到疼痛。手術進行20-30分鐘后，麻藥作用會逐漸消失，這時候病人會出現一點點疼痛，或者異物感。通常異物感大約持續3-4個小時，待上皮切口愈合后，疼痛感就會消失。所以，手術之后的不適感，通常僅持續3-4個小時。