胎兒畸形篩查采用經腹部超聲比較合適，胎兒畸形篩查通常建議在孕18-24周時檢查，此時胎兒比較大。如果用經陰道超聲檢查，因陰道超聲的頻率比較高，所顯示的組織比較淺，能夠掃到的范圍比較小，所以經陰道超聲沒有辦法觀察到整個胎兒的全部輪廓，故采用經腹部超聲檢查。 但是如果胎兒處于早孕期，早孕由于孕婦的腹壁比較厚或者孕婦憋尿的效果不好，可以采用經陰道超聲檢查，中晚孕時胎頭比較低，也可以經陰道超聲檢查，能非常好的顯示孕婦的宮頸內口，比較容易判斷前置胎盤或者血管前置。總之，整個胎兒的基因篩查采用經腹部超聲比較好，遇到有疑問或者在特殊的情況下，可以采用經陰道超聲進行補充。