結直腸癌的化療副作用根據化療藥物不同而有明顯區別，在結直腸癌的化療過程中要使用奧沙利鉑、伊立替康、5-氟尿嘧啶、卡培他濱等。奧沙利鉑的主要副作用是神經毒性，使用后會出現手指麻木和疼痛，一般在使用藥物2-3個月后會出現，因此使用這種化療藥物時一定要控制總劑量，不能超過劑量，超過一定劑量，毒副作用會成倍增長，達到了劑量要停止使用。 伊立替康的副作用主要表現為骨髓抑制、腹瀉，骨髓抑制即白細胞下降、血紅蛋白下降及血小板減少等。如果白細胞下降，可以使用升白類藥物；血小板下降可以輸血小板；如果血紅蛋白下降，可以輸紅細胞補充體內血液成分，改善骨髓抑制。另外的副作用是腹瀉，有的患者在化療期間開始腹瀉，有的患者化療后2-3天腹瀉，前面叫急性腹瀉，后面叫做遲發性腹瀉，所以在化療期間要備好止瀉藥物。如果出現腹瀉，可以馬上服用，控制腹瀉，遲發性腹瀉也一樣，可以用止瀉藥來控制。 5-氟尿嘧啶可以出現心臟毒性，因此對心功能不全的老年人要謹慎使用。口服卡培他濱的副作用主要表現為手足綜合征，表現為蛻皮、皮膚顏色變黑，甚至有裂開等現象，處理起來較困難，臨床上主要是采用中醫中藥治療，手和腳放在中藥里進行浸泡，起到一定效果。此外，還有惡心、嘔吐、乏力、納差、便秘等癥狀。隨著新藥，止吐藥物、改善消化道不良反應藥物的出現，目前化療的副作用越來越小。