直腸癌化療的副作用與其他腫瘤化療的副作用基本相似，首先是化療可能會導致骨髓抑制，出現白細胞、紅細胞、血小板的降低，尤其是直腸癌用FOLFOX4、FOLFIRI、XELOX等方案，都需要用奧沙利鉑。奧沙利鉑的副作用主要是血小板降低，這是一個副作用。 另一個副作用可能由于直腸癌病人做了手術以后，保肛的病人大便次數較多，化療以后大便次數會更多，因為化療會對消化功能產生影響，引起惡心、嘔吐、渾身乏力、不適的表現，都是化療引起的副作用。另外，化療用藥也會導致出現皮膚的變化，尤其是5-FU，會引起四肢末梢發黑，出現手足綜合征的表現，都是化療病人會出現的。