長期偏頭痛原因目前不明確，發病相關疾病考慮有和遺傳相關，家族性偏頭痛，如母親患有偏頭痛，兒子、女兒同樣患有偏頭痛的情況。還有和內分泌相關，女性患者經期頭痛，和內分泌相關，還有和環境相關，部分患者天氣特別熱時，部分患者天氣特別冷時和周圍環境相關，出現偏頭痛。 近幾年研究發現，長期偏頭痛和卵圓孔未閉相關。卵圓孔是心臟上的結構，人從嬰兒出生后，卵圓孔逐漸會關閉，但有25%人卵圓孔沒有關閉會出現癥狀。