小腦扁桃體下疝的癥狀分為兩大類， 1、小腦扁桃體本身的癥狀，如枕部疼痛，平衡能力或者運動能力較別人要差，比如走夜路的時候自然會放慢腳步，害怕摔倒，在小時候上體育課做體育動作，也會害怕。嚴重的患者會出現飲水容易嗆咳，同時也會出現臉麻，咳嗽、打噴嚏時枕部疼痛加重，癥狀也可以在不同階段慢慢都會出現，表現不一，小腦扁桃體下疝最大的危害是可以使得患者產生繼發性的脊髓空洞； 2、如果出現脊髓空洞，患者就會出現另外一種癥狀，最經典的是雙上肢到胸前區的痛溫覺分離，比如淋浴的時候淋到肩頭和肩膀的水流，會感覺到溫度不一樣，事實上是感知不同。有時候喜歡用非常燙的水洗手，別人覺得水溫很燙，但患者覺得不燙，因為痛覺和溫覺變差。對于傷口有些切口就會不容易找到，甚至手發麻不容易伸展，老是慢慢握著，最嚴重的情況下會出現爪形手，甚至行走困難，此為脊髓空洞的癥狀。 脊椎空洞的癥狀是由于小腦扁桃體下疝導致脊髓空洞，而脊髓空洞產生很長時間之后導致的一些癥狀。所以，脊髓空洞本身的癥狀和繼發產生小腦扁桃體下疝的癥狀具有一定的區別。