阿莫西林和阿奇霉素都屬于抗菌藥物，區別在于屬于不同類型的抗菌藥物，所以其藥理作用、結構類型、用藥的注意事項都有所區別，具體如下：1、阿莫西林：屬于β-內酰胺類抗生素，具體屬于青霉素類藥，可以用于治療敏感菌所導致的一系列感染，如上呼吸道感染、下呼吸道感染、泌尿生殖道感染、皮膚軟組織感染。還可和克拉霉素、PPI類制劑和鉍劑等三聯或四聯聯合用藥，用于幽門螺桿菌根除治療，通常需要服用較長時間，由于阿莫西林屬于青霉素類藥物，用藥前必須要做皮試；2、阿奇霉素：屬于大環內酯類抗菌藥物，其抗菌譜與阿莫西林不同，也通常用于治療敏感菌所導致的支氣管炎肺炎等下呼吸道感染，還有皮膚軟組織感染，包括鼻炎、咽炎、扁桃體炎等上呼吸道感染一系列疾病的治療。