部分頭痛患者可能在臨床上完善頭顱CT檢查，頭顱CT提示無明顯異常。頭顱CT只是進行粗篩，排除大問題比如出血、梗塞或占位性病變。排除以上問題，通常偏頭痛、緊張性頭痛、叢集性頭痛都可能會見到；另外還可能見于眼睛及五官科問題，眼睛問題包括屈光不正、青光眼，表現為頭顱CT正常但出現頭痛癥狀；還有部分為五官科問題，如蝶竇炎、篩竇炎， CT檢查也正常，所以頭顱CT只是排除大器質性問題。 部分頭顱CT正常患者可能會進一步完善頭顱磁共振檢查，因為可能存在小病變，比如病變在腦干或小腦CT上不能顯示，需要完善頭顱磁共振，必要時可能完善頭顱磁共振增強檢查。