出現頭疼、肚子疼的原因包括胃腸道疾病或腦炎，具體情況如下：1、胃腸道疾病：痢疾、胃腸炎等胃腸道疾病不僅會造成肚子脹以及疼痛疼，也會表現為全身的癥狀，如誘發頭疼。急性胃腸炎以及痢疾等疾病會造成腹腔消化道的受損，而在罹患胃腸炎過程中，胃腸道產生的炎癥因子以及感染誘發的毒素也會造成全身組織臟器的受累，導致乏力、頭疼等全身癥狀的出現；2、腦炎：頭疼也可能是由于腦炎所引起，腦炎不僅會產生頭疼的癥狀，部分患者也會并發肚子疼痛的癥狀。