透析失衡綜合征的發病機理是因為首次透析時透析時間過長，導致患者血液中的毒素下降過快引起的。治療的方法是針對發病的原因采取措施，把首次透析的時間縮短。病人的毒素特別高，不是單純的一次透析就把它降到很低，可以連續3天，每天只透2-3個小時，呈階梯性的下降，這樣患者會比較容易達到血液跟腦毒素的平衡，這樣就避免了透析失衡綜合征的出現。所以在透析室，一般毒素都有700EU/ml以上，這樣首次透析的時間定為2小時或者2.5小時，第2天的透析時間定為3小時，第3天的透析時間是3.5-4小時，這樣達到穩態的、逐步的下降過程，減少透析失衡綜合征的出現。