克羅恩病屬于少見腸道疾病，缺乏診斷金標準，所以在排除其它疾病且符合下列要點時才可診斷： 1、患者具有典型臨床表現，如口腔潰瘍、瘺管、包塊等，可考慮為臨床疑診，安排進一步檢查； 2、同時具備結腸鏡或者小腸鏡特征，并觀察其影像學表現，如小腸的CT成像或者小腸核磁成像等，沒有條件的也可以采用小腸的鋇劑造影等，可進行臨床擬診； 3、結合病理活檢，若發現非干酪樣肉芽腫，提示為克羅恩病特征性改變；同時如果可以排除腸結核，以此可做出臨床上的初步診斷； 4、對于手術切除標本或無病理確診的初診病例，需隨訪六個月以上，根據患者對治療反應和病情變化判斷；若符合克羅恩病自然病程，則為臨床確診。