克羅恩病的診斷是綜合性診斷，常常要借助臨床病史特征、常見表現、病理診斷，甚至影像學檢查。克羅恩病的診斷，典型癥狀是腹痛、腹瀉、消瘦，甚至貧血。除了這些癥狀以外，還可能出現肛周瘺管的形成。 另外一個很重要的診斷依據是腸鏡。在腸鏡上可以看到跳躍型潰瘍、重型潰瘍，還有鋪路石樣改變，這些都是克羅恩病典型的腸鏡特點，除了借助腸鏡，還要借助病理診斷。在病理診斷上的表現主要有透壁性的炎癥，裂隙樣潰瘍以及非干酪樣肉芽腫。 除此之外還要借助影像學診斷，包括小腸CT成像、小腸磁共振，這些也對診斷克羅恩病有非常重要的作用。綜合以上病史，將腸鏡表現、病理特征以及影像學檢查綜合才能診斷克羅恩病。