腎盂腎炎通常會選擇廣譜類抗生素進行治療，抗生素主要覆蓋革蘭氏陰性桿菌，為腎盂腎炎比較常見的致病菌，常用的藥物選擇有以下幾種：1、青霉素類加酶抑制劑：一般長期選擇青霉素類加酶抑制劑，比如阿莫西林、他唑巴坦、安滅菌等為首選藥物；2、第二代頭孢菌素：如果患者對青霉素過敏，則可能選擇第二代頭孢菌素進行治療，比如頭孢克洛或頭孢唑肟等；3、培南類藥物：如果患者以上兩種藥物治療效果較差，則可以應用美羅培南藥物進行治療，其對厭氧菌，以及革蘭氏陰性桿菌的治療效果比較強，也是在急性腎盂腎炎期，能夠用到較高級別的抗生素。應用抗生素治療的療程達到2周左右，大多數急性腎盂腎炎患者均被治愈，只有相對復雜，或合腎實質感染、腎囊腫的患者，可能會更換抗生素，甚至延長療程3-4周，從而將整體的感染得到控制。