顱縫早閉和囟門早閉的關系存在相關性，但不完全相關。如果患兒有顱縫早閉，比如矢狀縫早閉，囟門可以閉合，也可以不閉合。如果是矢狀縫和冠狀縫全部都閉合，囟門則也會早閉。囟門位于頭頂，有冠狀縫、矢狀縫經過，冠狀縫是橫著經過，矢狀縫則是從中間經過。在冠狀縫和矢狀縫交界處則為囟門，通常情況下，最晚在1歲半閉合。而如果患兒腦部發育落后，出現小頭畸形，顱骨會出現廢用性萎縮，囟門也會提早閉合，此時則屬于小頭畸形，并不是顱縫早閉。