治療幽門螺桿菌感染的方法較多，目前推薦四聯方案，即選用一種PPI藥物、兩種抗生素加一種鉍劑，如艾司奧美拉唑，加阿莫西林、克拉霉素，再加上膠體果膠鉍。如對青霉素過敏，也可以把阿莫西林換成左氧氟沙星或甲硝唑等。不同抗生素對于細菌耐藥率不一樣，在不同地區人群對于抗生素耐藥率不一樣。目前對于甲硝唑、替硝唑耐藥率非常高，阿莫西林耐藥率相對較低。 除四聯方案外，也可用兩種藥物序貫療法或三聯藥物療法，三聯藥物療法加上保護胃黏膜制劑也有比較好效果。治療幽門螺桿菌還要有個體化方案，對于反復治療仍然難以治愈的幽門螺桿菌感染患者，要抽取胃液做幽門螺桿菌培養，根據藥敏結果選擇合適的抗生素進行治療。