小拇指關節上骨頭凸起疼的原因如下：1、軟組織原因：小拇指頭關節上的骨頭凸起，有可能是骨關節炎，導致局部出現腱鞘囊腫。這時應該是軟組織包，是腱鞘囊腫，外有囊壁，內是膠凍樣的炎性滲出物、滲出液，可以通過穿刺把里邊的內容物擠出，或者通過手法給擠破，嚴重者可以通過手術將囊腫切掉；2、骨關節病：可能是因為嚴重的關節骨關節病，導致關節軟骨磨損、骨頭增生，增生的骨贅較大，導致小拇指頭關節上的骨頭凸起。這時處理比較麻煩，有骨性的結構損傷，軟骨磨損很難恢復，不做手術無法去掉凸起。可以先通過保守治療，外用消炎止疼的藥膏、膏藥，口服消炎止疼的藥物，少用手、少干活，疼痛應該能夠得到一定的緩解。