做腸鏡通常要麻醉，但是如果病人情況不允許，也可能采取普通檢查，不進行麻醉。根據病人的情況，做腸鏡通常采用局麻的方法，腸鏡有普通腸鏡和無痛腸鏡，隨著醫療技術和麻醉的進步，現在許多人容易接受無痛麻醉。腸鏡的檢查也是一個侵入性的檢查，病人會有痛苦。從乙狀結腸到橫結腸，從橫結腸到降結腸，病人會有不舒適感或者腹脹、牽拉感等，也比較難受。如果給予少量的鎮痛藥、鎮靜藥，病人在熟睡過程中就沒有這種感覺，也便于術者進一步檢查。