干擾素可以用于乙型病毒性肝炎和丙型病毒性肝炎的治療。近兩年由于丙肝小分子藥物的上市，目前丙肝的治療已經不再使用干擾素。所以現在干擾素主要是用于乙型病毒性肝炎的抗病毒治療，可以有效地抑制和清除病毒，療效持久，可以降低和防止肝硬化和肝癌的發生。而且一部分乙肝的患者可以通過長效干擾素的治療，獲得臨床治愈，即乙肝表面抗原轉陰，伴隨或者不伴隨表面抗體的出現。干擾素治療乙型病毒性肝炎的優點是療程相對穩定，而且不會產生病毒的耐藥。乙肝病毒e抗原和表面抗原血清轉換率較高，應答較持久。在停藥之后，不易出現病情的反彈，而且具有免疫調節和抗病毒的雙重功效。其缺點就是需要皮下注射，價格相對較高，而且不良反應較多。而干擾素的禁忌證包括妊娠患者、精神病、酗酒、失代償、肝硬化，以及甲狀腺疾病患者等。