繼發性癲癇，顧名思義就是有明確病因所導致的癲癇，所以繼發性癲癇的治療原則是針對原發的病因進行治療。此外，再使用抗癲癇藥物來改善癥狀。引起繼發性癲癇的原因有腦外傷；中樞神經系統感染比如細菌、病毒、真菌感染；腦部腫瘤占位性疾病比如腦囊蟲病；其他疾病合并的癲癇，譬如腎功能衰竭而出現的腎性癲癇；老年人電解質紊亂、低鈉血癥，這些都可能導致癲癇。所以繼發性癲癇治療首要的原則就要針對上述病因進行治療，比如單純皰疹病毒感染引起的癲癇，可能需要治療單純皰疹病毒性腦炎；由腦囊蟲病引起的癲癇，可能需要進行腦囊蟲的治療；對于少數由腦部占位性疾病引起的癲癇，需要外科來決定是否可以切除這些病變。