單心室治愈非常困難，因單心室手術矯治較困難，只有均衡型單心室或者不定型單心室患者才有機會進行單心室分隔術，即通過人造室間隔將左右心室分開，形成獨立的左心室和右心室。 即使手術較成功，由于兩個心室壓力不同，在分隔以后患者也會有各種問題。所以單心室治愈較困難，只有少部分患者有機會完成手術，或者只有少部分患者適合單心室分割術。 即使進行單心室分隔術，只有部分患者能順利恢復。絕大多數單心室患者均只能進行姑息性的手術，即將回心的腔靜脈血直接引流到肺動脈，而由肺靜脈回流的血通過殘留心室供應全身。因此大多數患者不能進行根治手術。