嬰兒腎積水手術的后遺癥最主要的不是手術造成的后遺癥，而是嬰兒腎積水對嬰兒的腎臟損害，造成了后遺癥，甚至損害不可逆。做手術雖然把嬰兒的輸尿管暢通了，但是嬰兒的尿液每天都在產生，每天都存在，所以積水從彩超上看還有，只不過程度比以前要輕。嬰兒輸尿管通暢了，壓力降低，對嬰兒腎臟損傷大大減小或者消失。但之前損傷的腎臟不可恢復，因為腎臟本身是不可再生的器官，腎小球萎縮就萎縮了，腎小球減少就減少了。所以雖然做完手術，但積水本身不消失或者是積水消失的不多，腎臟萎縮的程度還存在、皮質并不增厚，都屬于正常現象。手術只是將輸尿管不通的地方重新修通，降低腎盂壓力，不再進一步損害腎臟功能就可以。所以手術以后積水還存在，是一種正常的術后情況。積水本身就是嬰兒的尿液，如果積水沒有了，提示功能完全喪失。手術只讓輸尿管通暢，腎臟在術前的受損程度很難挽救。