嬰兒進行心臟房間隔缺損手術后大部分預后良好，不會遺留相關后遺癥。少部分嬰兒可能會合并輕微后遺癥，比如合并束支傳導阻滯。個別小孩易合并不完全右束支傳導阻滯，或者合并完全性右束支傳導阻滯，個別嬰兒也會出現輕微的室內傳導阻滯。這些輕微的傳導阻滯，不會影響心臟的結構和功能，大部分預后良好，僅遺留輕微心電圖改變。此手術是通過切開右心房，暴露房間隔，之后在右心房上進行縫補，個別嬰兒在右心房的切開部位會形成瘢痕。極少數嬰兒經過心臟房間隔缺損手術后會出現瘢痕相關的心律失常，稱為先心術后心律失常。因為局部的右心房瘢痕會形成緩慢的傳導區，與心房內的異常激動會形成返還，容易形成先心術后的瘢痕折返性心律失常。臨床最常見的是有部分嬰兒易出現房速，甚至出現房撲，如果發作時間較長、頻率較快，則會出現心律失常相關的心肌病，比如心臟會出現不同程度的擴大，甚至出現心功能不全，會對嬰兒生命構成威脅。