結腸鏡與腸鏡相同，所謂的腸鏡檢查主要檢查結腸，結腸鏡檢查是通過肛門進鏡，隨后觀察直腸、乙狀結腸、降結腸、橫結腸以及升結腸，對于部分患者還可以通過回盲瓣觀察回腸末端的情況。通過結腸鏡檢可以明確腸黏膜是否有無特殊的潰瘍、糜爛、是否存在占位性病變、是否存在結腸息肉以及結腸癌的可能。如果需要檢查小腸，往往需要應用小腸鏡，小腸鏡檢查較為復雜，可以通過經口檢查，也可以通過經肛檢查，在鏡下觀察小腸。胃、十二指腸后的部位稱之為小腸，如果經口檢查只能檢查一部分小腸，并不能完全達到貫通，剩下的部分可能會通過結腸再次進行檢查。但由于小腸疾病較為少見，多數人仍會選擇進行結腸鏡檢查。