肱骨髁上骨折最容易出現的晚期并發癥是肱骨肘關節部位肘內翻畸形。肱骨髁上骨折是比較常見的肘關節周圍骨折的一種類型，特別在青少年發生骨折后，很容易出現晚期肘內翻，提攜角消失，手遠端往內側傾斜的畸形。因此肱骨髁上骨折早期容易發生肘關節周圍尺神經、橈神經、正中神經等神經損傷，也容易導致肘關節前方的肱動脈、肱靜脈血管損傷。有可能出現肘關節周圍的肌肉攣縮、缺血、骨折不愈合、畸形愈合等并發癥。在這些并發癥當中最容易出現的晚期并發癥是肘內翻畸形，有很多小孩摔倒后，發生肱骨髁上骨折，通過手法復位，夾板、石膏固定達到骨折愈合，但是將來可能會出現肘內翻的情況。