一般情況下口腔頜面部囊腫不會惡變，因為口腔頜面部囊腫是一種良性病變，里面往往是液體積聚以后形成的囊腫。有一些囊腫，比如鰓裂囊腫，時間很長，反復發作，會出現惡變，這種惡變相對比較少。 一旦病變快速增大，或者是累及到周圍組織引起相應的癥狀，比如麻木、疼痛，這個時候要結合以往的病史，考慮是不是有惡變傾向。雖然囊腫的惡變概率很低，但不能完全排除口腔頜面部囊腫的惡性改變，這種在臨床需要重視。總之，該病在正常情況下不會惡變，因為其是一種良性病變，而個別或者極少數的囊腫有時也會發生惡變，需要提高警惕。