發熱是手足口病常見癥狀，其次是皮疹，皮疹常見于口腔、手心、腳心以及臀部等。手足口病癥狀不會完全出現，常見癥狀是發燒和口腔皰疹，發生在咽喉部位稱為皰疹性咽峽炎。除咽喉部位在嘴唇、舌頭、手、腳、臀部出現皮疹，可診斷為手足口病，手足口病和皰疹性咽峽炎屬于腸道病毒感染疾病。近年出現不典型手足口病，例如柯薩奇A6和A10，臨床表現為大皰疹，手、腳、上肢、下肢和軀干等部位可能出現皮疹。某些手足口病皮疹較少，表現出紅點，沒有皰疹，容易出現漏診。需要醫生根據典型發熱和皮疹診斷手足口病。