手足口病臨床上分為輕癥和重癥的病例。輕癥病人占絕大多數，患兒的臨床表現主要是手足部位，還有口腔、肛周的皮疹表現；口腔皰疹伴有發熱。因為有手足口病毒血癥的過程，小孩會出現全身不適、食欲不振、哭鬧，有的小孩有腹瀉等表現；重癥病例可能會引起全身的器官系統的病變，比如心肌炎，甚至是危重病例，有肺水腫、腦膜炎的表現。這些病例是臨床上的危重癥，要積極地治療和搶救。