植物神經紊亂的特效藥是主要調整植物神經平衡的藥物，比較常用的藥物是谷維素，谷維素本身是可以調整植物神經，所以以前比較常用。對比較輕的植物神經紊亂，可以用谷維素來調整，還要用營養神經的藥物，因為植物神經紊亂也是因為神經不穩定造成的，可以用維生素B1、維生素B12補充，在治療后，可以改善植物神經紊亂。現在對比較嚴重的植物神經紊亂，需要給予調整焦慮、抑郁癥狀的藥物，最常用、現在比較新型且副作用相對較小的藥物是5-羥色胺再攝取抑制劑，可以改善或治療各種各樣的植物神經紊亂。部分植物神經紊亂是軀體化障礙為主的患者，常用的藥物是西酞普蘭，可以改善軀體形式障礙，包括肚子痛、胸悶等癥狀。