心臟磁共振檢查原理和其它部位磁共振檢查原理基本上一樣，磁共振工作原理基于兩個重要因素，一是磁場即磁共振儀器所提供強大磁場。另外一個即是核，而核即人體組織器官細胞內廣泛分布氫原子核，磁共振工作原理是將人體放置于磁共振機器強磁場中，用無線電射頻脈沖激發被檢查組織細胞內氫原子核，引起氫原子核共振便吸收其能量。 在停止射頻脈沖后，氫原子核按照特定頻率發出射電信號，并將吸收能量釋放出來，這些信號通過磁共振儀器接收并記錄下來，再經過一系列高能電子計算機對數據分析重建，從而形成磁共振影像，用于臨床診斷。