磁共振檢查不需要用到X射線，沒有輻射，所以對人體沒有任何危害。磁共振也不會影響遺傳，到目前為止還沒有發現患者在使用核磁共振后出現遺傳物質變異。 但是磁共振由于聲音比較響，同時在密閉空間時間較長，所以部分患者不適于磁共振檢查，如有心臟起搏器、血管搭橋患者。早期心臟起搏器禁止磁共振檢查，因為它會導致心臟起搏器停止工作。目前最新的心臟磁共振屬于磁共振兼容型起搏器，只要在心內科醫生檢查之前調節好，可以選擇；高燒患者不能做磁共振檢查，因為在磁場里面可能會導致患者病情進一步加劇；孕婦盡量不做磁共振，尤其3個月內的孕婦禁止磁共振；裝有胰島素泵的患者不能做磁共振；嚴重抑郁癥、幽閉恐懼癥不適宜做磁共振；多動幼兒，除非在麻醉或鎮靜劑下可以進行，否則也不適宜做磁共振。