如果扁桃體肥大經過藥物治療效果不佳時，醫生會建議進行手術切除，手術屬于較成熟的技術，兒童手術占比最高。目前均為經口微創手術，手術創傷較小，主要風險如下：1、術后出血：約有2%-3%的幾率出現術后出血現象，此類患者70%在術后2天內出血，通常扁桃體術后在醫院觀察1-2天，相對更安全；2、術后瘢痕：此類情況發生的概率較小，但黏膜上會出現手術瘢痕，可能導致吞咽不適感或發音異常。此外，目前已有大量研究證明，3周歲后兒童切除扁桃體，對免疫力沒有明顯影響。