大部分胰腺癌并不會出現誤診的情況，但針對胰腺癌與自身免疫性胰腺炎的情況，特別是當自身免疫性胰腺炎呈現腫塊型表現時往往較難鑒別。這種情況下自身免疫性胰腺炎首先要針對IgG4進行檢查，往往IgG4檢查會出現升高，提示自身免疫性胰腺炎的可能。但特別是針對一些IgG4是正常的自身免疫性胰腺炎呈現腫塊型，與胰腺癌往往較難鑒別。某些情況下也可以使用進一步的穿刺取得組織病理，給予進一步的鑒定。另外，針對并沒有胰腺癌確定指標的情況下，也可以適當考慮給予自身免疫性胰腺炎的激素治療方案來判斷是否有效。如果有效，腫物有縮小往往提示自身免疫性胰腺炎，但這種方法要慎重使用。因為如果是胰腺癌，使用激素有可能會促進胰腺癌的發展。所以針對這類特別難鑒別的情況比較少見，但也需要注意。其他的包含影像學檢查，如PET-CT、磁共振也都能夠更進一步的有助于診斷。