手指甲內疼痛的原因主要如下：1、感染：如甲溝炎，或真菌感染導致的灰指甲，可造成甲床破壞，從而出現指甲內部疼痛；2、指甲病變：可與囊腫或關節疾病有關，如黏液性囊腫在甲根部擠壓或甲根受到損傷時，易導致指甲生長障礙而出現疼痛；3、骨疣：部分指甲疼痛由骨質增生導致，如骨疣在甲下增生時指甲向上凸起，形成腫物樣改變；4、腫瘤：如果出現局限性明顯疼痛，常與腫瘤有關，如血管球瘤常為甲床下局限性病變，觸碰后出現局限性劇烈疼痛，溫度變化可誘發疼痛，如冷水刺激等。