益生菌是目前在市面上常見的口服活菌制劑，由雙歧桿菌、嗜酸乳桿菌、糞腸球菌、枯草芽孢桿菌等活菌組成。 活菌制劑在臨床上用于腹瀉、便秘、腹脹、消化不良等消化系統疾病患者。很多患者的慢性消化系統疾病，比如慢性腹瀉、習慣性便秘，和腸道菌群紊亂有關，通過活菌制劑能夠改善和調節腸道菌群，可以對消化系統疾病進行治療。 同時，研究發現部分慢性疾病患者，比如高血壓、高脂血癥、糖尿病等患者的體內腸道菌群也存在一定程度的紊亂情況，也可在醫生的指導下，進行補充菌群治療。