慢性化膿性中耳炎如果是急性發作，可以適當口服甚至靜滴抗生素，不宜一直全身應用抗生素。通常主張耳朵局部用藥及耳浴或者滴藥，只有當炎癥出現急性發作或者并發癥才會建議全身應用抗生素。 全身應用抗生素使用過多可導致耐藥菌產生，以后再次發生這種急性發作時去用另外的抗生素，效果不好甚至沒有效果，如肝腎功能損傷、胃腸道反應、皮疹等，這是持續使用抗生素常會引起的副作用。局部長期應用抗生素滴耳液還可以因為殺死正常菌群，導致條件致病菌生長，導致外耳道真菌感染，所以在使用抗生素時要慎重。